رنگ چشم همه ی مگس ها قرمز نیست. مثلاً در مگس معمولی خیلی وقت ها ممکن است بازتاب نور را در زاویه مشخصی در چشم مرکب حشره ببینید. در مگس های سرکه، چشم های دارای رنگدانه واقعی مشاهده می کنیم. دلیل رنگی شدن چشم در مگس سرکه ژن ها و پروتئین هایی است که رنگدانه هایی را می سازند که باعث قرمز شدن رنگ چشم می شود. رنگ قرمز یکی از متداول ترین رنگ های چشم در مگس سرکه است. رنگ های دیگر چشم ممکن است در میان مگس های سرکه پیدا شوند عبارت اند از قرمز تیره، زردآلویی، قرمز روشن، زرد و ...